1
За легендою ХVIIст., монастир був заснований ще за часів Київської Русі.
Під час татаро-монгольської навали, монастир уперто боронився від нападників, а коли закінчилися запаси продовольства, Господь просипав на монастир крупи (манну небесну) і врятував монахів від голодної смерті. У пам'ять про це чудо монастир одержав назву Крупицький. Миколаївським монастир називаеться тому, що на цьому місці було явління икони святого Миколи Чудотворця (ця ікона - святиня монастиря). Розквіт монастиря припадає на XVIIст. коли Батурин став Гетьманською столицею Козацької Держави. Козацька старшина словом і ділом підтримувала монастир. У 1680р. збудували соборний храм Сятого Миколи (зруйнований радянською владою у 1922р.) Настоятелем обителі деякий час (1682-1683) був і Дмитро Савич Туптало, згодом кананізований Православною Церквою як Дмитро Ростовський.
Спасо-Прображенська церква збудована у 1804р. (відновлена у 2004р.), дзвіниця - 1825р.
Друге відродження монастиря почалося у 1999р., як Свято-Миколаївський Батуринський жіночій монастир ( 2-монахині, 2-послущниці та священник)